好发于青、中年性旺盛期，25岁以下占60%。男性可合并附睾炎，附睾肿大，发硬且有触痛，有的还可合并睾丸炎，前列腺炎等。女性可并发子宫颈炎，宫颈糜烂，分泌物增多，阴道及外阴瘙痒，盆腔炎，输卵管炎，患者下腹部不适，月经异常，可导致异位妊娠，流产及不育症等。

如不治疗，衣原体等病原生物可侵入子宫和输卵管，引起盆腔炎症，最后导致输卵管疤痕性疼痛，而造成女性不孕症。病原体也可侵犯睾丸和附睾而造成男性不育。对于沙眼衣原体引起的尿道炎患者，即使能生育的妇女，生下来的婴儿也难免发生眼、耳部的衣原体感染而死亡。